Здравствуйте. И всё же проблема удаления файлов по FTP имеет место быть.
С этим же логином и паролем из проводника файлы без проблем удаляются, а программой увы нет.
Привожу лог работы.
Код:

2013-09-03 14:18 Вкладка журнала очищена. Полное содержимое журнала можно посмотреть, открыв его файл из меню «Журнал»
2013-09-03 14:18 *** Запущено новое копирование. Заданий в очереди: 1 ***
2013-09-03 14:18 Отключение возможности входа в спящий режим...
2013-09-03 14:18 ** Выполнение задания "1C" **
2013-09-03 14:18 Подсчёт файлов в задании "1C"...
2013-09-03 14:18 Если ваш архиватор не поддерживает архивы, созданные Cobian Backup, см. FAQ
2013-09-03 14:18 Запуск теневого копирования тома: D:\
2013-09-03 14:19 Теневая копия создана
2013-09-03 14:19 Сжатие в архив "D:\temp\1C 2013-09-03 14;19;05 (Полный).zip". Подготовка файлов...
2013-09-03 16:04 Соединение с "192.168.109.250:21"...
2013-09-03 16:04 TLS недоступен на указанном сервере, попытка обычного соединения...
2013-09-03 16:04 Пользователь "itadmin" начал сеанс связи с "192.168.109.250:21"
2013-09-03 16:04 Закачка файла "D:\temp\1C 2013-09-03 14;19;05 (Полный).zip"
2013-09-03 16:26 Файл "D:\temp\1C 2013-09-03 14;19;05 (Полный).zip" закачан
2013-09-03 16:26 Удаление полной копии со всеми файлами: накопилось 8 полных незаблокированных копий
2013-09-03 16:26 Удаляемые файлы старых копий: 1C 2013-08-27 23;00;46 (Полный).zip
2013-09-03 16:26 Подсчёт удаляемых файлов
2013-09-03 16:26 Найдено не-FTP файлов для удаления: 0
2013-09-03 16:26 Удаление старых копий
ERR 2013-09-03 16:26 Ошибка удаления "": Невозможно подключиться к "192.168.109.250:21": Login incorrect.
ERR 2013-09-03 16:26 Ошибка удаления "": Невозможно сменить каталог на "Backup": Connection Closed Gracefully.
2013-09-03 16:26 Удаление завершено
2013-09-03 16:26 Удаление теневой копии "35b307ab-e5b2-4350-acf0-e60e2b99f73e"
2013-09-03 16:26 Теневая копия удалена
2013-09-03 16:26 Общее время выполнения задания "1C": 2 ч., 7 мин., 44 сек.
2013-09-03 16:26 ** Задание "1C" завершено. Ошибок: 2, обработано файлов: 240808, скопировано файлов: 240808, общий размер: 42,40 GB **
2013-09-03 16:26 --
2013-09-03 16:26 Возможность входа в спящий режим включена
2013-09-03 16:26 Общее время копирования: 2 ч., 7 мин., 48 сек.
2013-09-03 16:26 *** Копирование завершено. Ошибок: 2, обработано файлов: 240808, скопировано файлов: 240808, общий размер: 42,40 GB ***
2013-09-03 16:26 --
Как видно из лога, в 16:04 под указанным логином и паролем вход удался, а перед попыткой удаления в 16:26 вдруг как-то неожиданно логин и пароль стали некорректными. Хотя при ручном входе логин и пароль подходят и позволяют удалять файлы. Ни каких настроек TLS/SSL не делалось. Всё указано по умолчанию.