[Blast]

А не пробовали включить UAC на рекомендуемый уровень, или хотя бы на второй снизу и проверить после перезагрузки, будет ли так же себя вести сохранение параметров раб. стола?
Сомневаюсь, что поможет, учитывая, что обои тоже не сохраняются, но все же: проверьте в меню по ПКМ на раб. столе - Вид - Упорядочить значки автоматически - снимите флажок если есть.
Также когда-то такая же проблема была решена установкой родного драйвера на монитор... Попробуйте поискать.

Еще проверьте разрешения на раздел реестра HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Shell\Bags\1\Desktop - у администраторов, системы и вашего пользователя должны быть права на запись.