[L-Soft]

. С утратой Сертификата подлинности остается ли за организацией право использования операционной системы на этом компьютере? »

В потеряли паспорт, утратили ли вы вместе с ним гражданство? Нет конечно, вы утратили только документ, а не право.
microsoft4you.ru
Если основной документ, подтверждающий лицензионные права пользователя, утерян, то подлинность программного продукта может быть установлена по косвенным признакам. К ним относятся другие составляющие поставки, а также платежные документы – поэтому Microsoft настоятельно рекомендует хранить все составляющие поставки программного продукта. Для корпоративных лицензий альтернативным способом подтверждения прав пользователя является информация на защищенных веб-узлах eOpen и MVLS. Процедура восстановления лицензии определяется видом ее поставки:
ОЕМ-продукты. Существует возможность восстановить утерянный установочный диск или заменить поврежденный сертификат подлинности (СОА). Восстановление производится через сборщика системы.
Коробочные (FPP) продукты. Восстановлению подлежит только поврежденный установочный диск, и только в течение года с момента покупки. Восстановление производится через Информационный центр Microsoft, куда можно обратиться по телефону: 8 (800) 200-8001.
Корпоративные лицензии. Восстановить документы, подтверждающие лицензионные права, возможно через партнера Microsoft.
GGK не относится ни к одной из 3 категорий, скорее всего COA вам не восстановить, позвоните в инфоцентр.

Какие адекватные санкции можно применить к виновному? »

Я думаю что убить - мало. Лишить премии мерзавца.